Dengan adanya perubahan ini, tantangan utama yang dialami oleh perusahaan dalam menetapkan inovasi proses adalah integrasi teknologi baru ke dalam infrastruktur operasional yang sudah ada (Xu & Li, 2020). Dalam mengimplementasikannya, proses ini sering kali dianggap rumit dan membutuhkan investasi skala yang besar dalam perangkat lunak, perangkat keras, serta sumber daya manusia yang terampil.

Pengaplikasian teknologi yang canggih juga mendatangkan tantangan baru dalam segmentasi keamanan cyber, hal ini karena terjadi peningkatan risiko kebocoran data dan agresi cyber yang akan mengganggu terhadap jalannya operasi perubahan. Salah satu tantangan penting lainnya dalam manajemen operasi yang melakukan inovasi proses adalah perubahan budaya organisasi.

Penerapan teknologi atau metode kerja baru yang lebih efisien sering kali memerlukan perubahan besar dalam budaya perusahaan, yang dapat bertentangan dengan kebiasaan lama dan menimbulkan penolakan dari karyawan. Penerapan teknologi dan metode kerja inovatif cenderung melawan budaya perusahaan yang sudah terbentuk dan dapat menimbulkan tanggapan negatif dari karyawan. Oleh karena itu, perubahan budaya organisasi menjadi tantangan penting yang harus dihadapi dalam manajemen operasi yang sedang menjalani inovasi proses. (Schallmo et al., 2018)